八胡鲶鱼苗养殖中，水霉病较为常见。水霉病多在鱼苗受伤后，由水霉菌感染引起。患病鱼苗体表出现白色棉絮状菌丝，行动迟缓，食欲减退。预防水霉病，在捕捞、运输和放养过程中，要小心操作，避免鱼苗受伤。放养前，用食盐水或高锰酸钾溶液对鱼苗进行浸洗。发病时，可全池泼洒亚蓝溶液，连续使用 2 - 3 天。
肠炎病也是八胡鲶鱼苗易患疾病，主要由感染肠道引起。患病鱼苗腹部膨大，肛门，轻压腹部有黄色黏液流出，肠壁充血发炎。预防肠炎病，要保证饲料新鲜、卫生，定期在饲料中添加益生菌，调节鱼苗肠道菌群。时，可投喂含氟苯尼考等的药饵，连续投喂 3 - 5 天。此外，八胡鲶鱼苗还可能受到小瓜虫病的威胁，小瓜虫寄生在鱼苗体表和鳃上，形成白色小点状囊泡。防治小瓜虫病，可使用辣椒和生姜煎剂全池泼洒，或用福尔马林溶液进行药浴。加强日常管理，保持养殖环境清洁卫生，能有效降低八胡鲶鱼苗患病几率。