1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
业务范围
1、代理各个税种的纳税申报，代理企业纳税情况自查及清算各种税款业务;
2、代理企业整体税务安排、投资项目税收评估，代理制作涉税文书。
3、建立企业纳税核算体系用办税制度，为企业设计财务制度。
4、协助企业进行股份制改及企业间兼并、收购工作，代理设计经营管理制度。
5、为企业提供报表分析，提供其他管理建议。
6、委托人要求的其他常年代理业务。
有百分之九十八的代理记账机构会提供整理原始凭证、编制会计凭证、登记账册、编制会计报表、纳税申报五项基本服务。
税计顾问
1、提供日常财税知识咨询，包括电话咨询、上门咨询、网上咨询。
2、指导或协助企业办理日常涉税事项;
3、协助或指导企业进行财税知识培训，免费参加所统一组织的业务培训;
4、定期组织客户参加税务咨询列会;
5、每月发放一期《税务咨询信息》,每年赠送《企业财税法规汇编》。
6、委托人要求的其他业务。
业务发票处理 将当月填开和取得发票分类入账，按照发票的性质分别通过存货、现金、银行存款、往来账户、应交税费以及费用科目进行核算。将全部专用发票入账后，查看进项税额和销项税额明细账的金额合计，是否与当月防伪税控开票系统统计的金额以及网上认证返回的认证金额是否一致，然后计算当月缴纳税金金额。