北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
北京协和医院风湿免疫科为了促进中国风湿病的普及与提高，自建科以来，坚持每年举办形式多样的风湿病学讲习班和学术会议，编著多部风湿病学专著，同时结合风湿病学临床的需要开展科学研究，取得了极大的成绩，是国家教委风湿病学博士学位授予点、风湿免疫内科博士后流动站、国家教委风湿病学重点学科单位、卫生部住院医师培训基地、风湿免疫科专科继续教育基地、风湿临床试验基地、教育部重点实验室，风湿病学博士生/博士后培养单位，为全国培养了大量风湿病学的专业人才。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。